El período cañari inca se inició con la invasión y el sometimiento de señoríos cañaris a los cuzqueños, iniciando en el año 1460 y concluyendo en 1533 con la guerra fratricida entre Huáscar y Atahualpa, que se resolvió en el triunfo de este último, la destrucción de Tomebamba y otros lugares cañaris por el vengativo Atahualpa, y la posterior invasión española.
Su conquista inició con el apoderamiento del territorio de los paltas, luego Cañaribamba, de Guapondelig, que la llamaron Paucarbamba o Tomebamba y de Hatun Cañar.
Para asegurar su conquista, los incas utilizaron un sistema llamado mitmaj, que consistía en una migración forzosa de partes de la población a otra región del imperio.
Luego de la conquista inca y de la matanza de más de treinta mil cañares por la rebelión contra los invasores, degollados con el Tumi-cuchillo en la pampa del cuchillo o Tomebamba, los habitantes de Cojitambo y Chuquipata fueron enviados con otras veinte mil familias al Cuzco, Titicaca y Piura en calidad de mitimaes. Para reemplazarlos llegaron los primeros mitimaes incásicos. Por su parte, el territorio cañari es re poblado con mitimaes de Perú y Bolivia.